結論から言うと、どちらでもOKでしょう。
ただドメイン新規取得やサーバー新規開設の段取りを考えると、ドメイン取得後にサーバー申込みがお勧めかと思います。GMOペパボのムームードメインなら「ロリポップ!簡単お申し込み」という便利機能があります。手始めにそこから
ムームードメインのロリポップ!「簡単申し込み」手順
解説ページ:ロリポップ!簡単お申し込みの流れ
簡単お申し込みの流れを別視点も兼ねて解説していこうかと思います。
簡単お申し込みとは、GMOペパボ社サービスのロリポップ!、他ヘテムル・グーペ・カラーミーショップの申し込みがボタン一つでできる便利機能です。なお日本語ドメインには簡単お申し込みは対応していませんのであらかじめお断りしておきます。
ムームードメインでドメインを取得
まずはムームードメインでドメインを取得します。次にコントロールパネルに「レンタルサーバーを申し込む」という枠に『簡単お申し込みへ➔』リンクがありますので、そこから連携サービスとしてロリポップ!レンタルサーバーを申し込めます。
簡単お申し込みをする準備
ネームサーバを「各サービスのネームサーバー」または「ムームーDNS」に設定しておくと、スムーズに簡単お申し込みが利用できるようになります。
ムームーDNSを選択できない状態になっている方は、コントロールパネル内メニューのムームーDNSセットアップで、利用する設定を行ってください。

コントロールパネルのドメイン管理▶ドメイン操作からそれぞれ操作できます。ここらへん正直ベーシックな知識がないと苦労するところでしょう。『ネームサーバー』やら『DNS』やらの意味から理解しなくちゃなりませんから、、、
ドメインを選択
コントロールパネルにログインします。
ロリポップ!への簡単お申し込みの場合、ここで選択したドメインが自動的に独自ドメインに設定されます。複数のドメインを契約している方は独自ドメインを設定したいドメインを選択して、「表示」ボタンをクリックし指定します。

ヘテムル、グーペ、カラーミーショップは、簡単お申し込み後に、各サービスの管理ページにて設定を行なってください。
「簡単お申し込み」ボタンをクリック
下の画像は新規の初回のみ

2つ目以降だと

これだと別にドメインを取得して、そして「まずは無料で体験する」から新規に。この場合ハイスピードプランでのお試しになります。なお、お試し期間中は何度でもプランの切り替えが可能です。本契約をしない限り料金の発生はないので安心して試せます。
契約期間、支払い方法は各サービスの専用ページにて確認できます。
ロリポップ!、ヘテムル
、グーペ
、カラーミーショップ
規約に同意する
簡単お申し込みを利用するには、サービスの利用規約に同意が必要です。申し込み前に規約の内容を確認して、表示されるポップアップのOKをクリックすると最終です。
結果表示
ロリポップ!に申込みが完了した場合
ロリポップ!のお申し込みが完了しました。
ロリポップ!からのお申し込み完了メールをご確認ください。
上記、案内が表示されます。忘れずに完了メールをチェックしてください。
- 独自ドメインがロリポップ!で設定されているか確認するには、ロリポップ!のユーザー専用ページで確認ください。
※設定のドメインをブラウザで表示したときに「Welcome to Lolipop!」ページが表示されれば独自ドメインの設定が完了しています。 - ロリポップ!ユーザー専用ページへのログインID、パスワードは、ロリポップ!簡単お申し込み完了メールを確認ください。

以下は、うまくいかなかった場合の対処方法ですが、それはまた別にボリューミィにマニュアルで解説されていますので当該ページに委ねます。
肝心なのは焦らないことです。私のように短気で、何度もエラーページを表示させてイライラをつのらせ、下手に触らなくていい操作をしてしまい取り返しのつかない顛末に至るのは極力回避して欲しい。運営側の担当者に手間をかける結果となります。まぁ、それも勉強にはなるんですけどねE-NN
おかしいな?と思ったら
- 独自ドメインでページを表示しようとしたらエラーになります。
ネームサーバを変更した直後(24~48時間)は、「○○○.com という名前のサーバが見つかりませんでした」というメッセージが出て、サイト表示できない場合があります。時間をおいて再度試してください。 - ロリポップ!のエラー画面が表示されます。
エラーの原因がロリポップ!の設定の可能性があります。ロリポップ!の問合せフォームから運営に問い合わせてみてください。
申し込みがうまくいかない場合1

ネームサーバを「ロリポップ!」か「ムームーDNS」に設定後、申し込みします。
申し込みがうまくいかない場合2

ロリポップ!への申し込み、独自ドメインの設定は完了していますが、ドメインのセットアップがうまくいかなかった場合に表示されます。ネームサーバを「ロリポップ!」か「ムームーDNS」に設定します。
申し込みがうまくいかない場合3

エラーで申し込みができない時に表示されます。時間をおいて再度試してもエラー画面が表示される場合はムームードメインの問合わせフォームより連絡します。
ロリポップ!レンタルサーバーから同時新規申し込みの場合
まず、ロリポップ!サポートのよくある質問「お申込み」にもある通り、『申込みの時に独自ドメインを設定できますか?』という質問に対し、『ロリポップ!のお申込みの時点では、独自ドメインの設定はできません。』とあります。
つまり、新規にロリポップ!サーバーのアカウントを作成し、ユーザー専用ページにログインしてから、『サーバーの管理・設定 > 独自ドメイン設定』に進むと、以下のような欄があります。

ここから「独自ドメインを取得する」をクリック。すると先程紹介のムームードメインページへ飛ぶという具合になっているわけです。
このような流れの理由からも、一番はじめに申し上げました通り、ムームードメインにて、まずはムームーIDを新規登録で取得し、それから希望のドメインを得て、DNS(ネームサーバ)設定等々の一連の作業を手順通り確実にこなして行くのがいいかと思います。

自分の場合、このパターンでした。先にサーバーを借りて、それからドメインを取って設定した形。いろいろスッタモンダしましけどね、なんとか現在に至ったって感じです。
最後に
今回はGMOペパボのムームードメインとロリポップ!レンタルサーバーについて取り上げました。おおよそのスタイルはどちらのホスティングサービスも似たりよったりじゃないかと浅はかにも踏んでいる現況です。全くの新規ドメインに新規サーバーでWebサイトを構築する同時申込みなら、という意味でですが。
他にドメインとサーバーの同時申し込みという分野で広く捉えるなら、それぞれドメインとサーバーを別のサービス提供会社で申込みをし、Webサイトを構築するというケースも考えられるでしょう。ただ、あくまでドメインは独自ドメインを利用するというのであれば、ドメイン取得後にサーバーを新規で借りる流れには疑義のないところかなって思っています。
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